Załoga obozu liczyła zaledwie 30–40 osób. Byli to przeważnie ludzie w wieku 30–40 lat, Niemcy i Austriacy. Wszyscy musieli podpisać dokument o zachowaniu ścisłej tajemnicy państwowej. Pierwszym komendantem był doktor medycyny Irmfried Eberl, który pełnił tę funkcję od powstania obozu do sierpnia 1942 r. Został zwolniony z funkcji komendanta Treblinki przez inspektora Wirtha za nieudolność i bałagan panujący w obozie. Po reorganizacji Wirth powołał na to stanowisko komendanta Franza Stangla, który był komendantem obozu zagłady w Sobiborze. Pełnił swą funkcję w Treblince do końca sierpnia 1943 r. Po nim obowiązki komendanta przejął Kurt Franz. Zajmował się zarządzaniem obozu do listopada 1943 r., tj. do całkowitej jego likwidacji.

Komendantowi podlegali kierownicy poszczególnych oddziałów – pionów. Za komory gazowe odpowiadali SS-Unterscharführer Gustav Münzberger oraz SS-Unterscharführer Alfred Löfler. Z kolei za kremację zwłok odpowiedzialny był Herbert Floß.

Większość z niemieckiej obsługi należała do SS, ale niektórzy byli funkcjonariuszami policji. Dla ujednolicenia przynależności organizacyjnej sztab Akcji Reinhard przyjął zasadę wcielenia wszystkich do SS jako formacji elitarnej. Niemcy uzbrojeni byli w broń krótką typu Walter lub nagan oraz w pistolety maszynowe produkcji fińskiej. Wszyscy obowiązkowo nosili pejcze.

Strażnicy najczęściej byli pochodzenia ukraińskiego. Werbowano ich głównie spośród jeńców radzieckich, a ponowne szkolenie ideologiczne przechodzili w obozie w Trawnikach k. Lublina. Oficjalnie określano ich jako Trawnikimänner, a okoliczna ludność nazywała ich „wachmanami” lub „czarnymi” (ze względu na kolor mundurów). Byli uzbrojeni w karabiny typu Mauser wz. 24 i bagnety. Przeważnie byli to młodzi ludzie w wieku 19–30 lat. Ich głównym zadaniem było strzeżenie obozu.