Od dnia 22 lipca 1942 na murach domów getta w Warszawie rozlepiano obwieszczenia Rady Żydowskiej o przesiedleniu i codziennie między Warszawą a Treblinką zaczął kursować pociąg z „przesiedleńcami”, określany jako wahadłowy.

W dniu 23 lipca 1942 r. w godzinach rannych przyjechał do obozu pierwszy transport Żydów z Warszawy, przywożąc 7 400 osób. Składał się częściowo z pensjonariuszy punktów noclegowych dla uchodźców oraz odsiadujących różne kary, przeważnie administracyjne, w areszcie centralnym przy ul. Gęsiej 24. W dniu 23 lipca 1942 r. rozpoczęła się pierwsza faza mordowania przywożonych tu ludzi. Trwała do 28 sierpnia 1942 r.

Dzienny kontyngent, wyznaczony początkowo na 6 000 osób, szybko wzrastał. Tylko z warszawskiego getta, od końca lipca do połowy września 1942 r., w trakcie wielu akcji wysiedleńczych, według dokumentów Rady Żydowskiej, wywieziono do Treblinki 241 000 Żydów. Deportowano tu Żydów także z innych gett, m.in. z Białegostoku, Grodna, Kielc, Radomia, Łukowa, Włoszczowej, Sędziszowa, Szydłowca, Kozienic, Częstochowy, Łochowa. Byli to głównie polscy Żydzi z Generalnego Gubernatorstwa, przywożeni tu w wagonach towarowych z zakratowanymi drutem kolczastym okienkami. Do tych, którzy próbowali ucieczki, strzelano. Szlaki kolejowe Małkinia – Treblinka i Siedlce – Treblinka usłane był trupami. Konwojenci strzelali do uciekających, a rannych dobijali niemieccy żandarmi z posterunków w Kosowie Lackim i Bielanach, wysyłani celowo w okolice torów kolejowych.
Pociągi konwojowane były przez esesmanów lub żandarmów, a funkcje strażników pełnili Ukraińcy, Łotysze lub Litwini. Komendantem transportu zawsze był Niemiec. Jedynie transporty z Niemiec i Austrii eskortowane były przez policję niemiecką. Część świadomych swego losu deportowanych wyrzucała przez okienka podarte pieniądze, odzienie, kartki z nazwiskami i prośbą o powiadomienie rodziny. Zwłoki zmarłych w trakcie transportów palono w lazarecie.

W innych warunkach przyjeżdżali tu Żydzi z Zachodu. Transportowano ich w wagonach osobowych. Mieli wykupione bilety, a odcinki tych biletów kierownik pociągu oddawał na stacji w Treblince. Były one liczone i odsyłane do Dyrekcji Kolei w Warszawie. Ludziom tym pozwalano zabrać duże ilości bagażu, w tym wszelkiego rodzaju materiały i żywność. W Treblince ginęli nie tylko Żydzi z Polski, ale również z Niemiec, Austrii, Bułgarii, Grecji, Jugosławii, Czech, Słowacji, Belgii i Francji.

Koszty transportów ponosił Główny Urząd Bezpieczeństwa Rzeszy (RSHA), któremu Kolej Rzeszy (Reichsbahn) udzielała taryfy specjalnej, aż do jednej czwartej normalnych kosztów przewozu. Z kolei RSHA, jeżeli to było możliwe, kazała samym Żydom płacić za przejazd do obozów śmierci, w przeciwnym przypadku płaciła z nadzwyczajnego budżetu policji bezpieczeństwa, przyznanego przez ministra finansów Rzeszy.