Po powstaniu w obozie, Stangl został przeniesiony do jednostki zwalczającej partyzantów we Włoszech. Wirth i Globocnik zatuszowali bunt w Treblince i zbiorową ucieczkę więźniów. Nie złożyli w Berlinie oficjalnego raportu na ten temat. W połowie lub pod koniec sierpnia 1943 r. Kurt Franz przejął kierownictwo obozu. W tym czasie na rampę obozową przybyło kilka transportów z getta białostockiego. Deportowanych zagazowano w nienaruszonych podczas powstania komorach. Transporty, które przyjmowano na rampie, liczyły wówczas tylko po 10 wagonów. Ostatni transport przybył 23 sierpnia 1943 r. i składał się z 39 wagonów. Byli w nich Żydzi z Białegostoku.

Rozwiązanie poważnie zniszczonego obozu i całkowite zrównanie go z ziemią przeciągnęło się do 17 listopada 1943 r. Wtedy to zastrzelono 25–30 więźniów z ostatniego komanda – Restkommando, którzy mieszkali w dwóch wagonach kolejowych. Żydów zaprowadzono w małych grupkach na skraj lasu, gdzie Franz, Bredow i Mentz zamordowali ich strzałami w potylicę. Ukraińscy wachmani spalili ich ciała na specjalnie do tego celu wybudowanym małym ruszcie.

Teren, gdzie zakopano prochy ludzkie zaorano i zasiano łubinem. Przebudowano obozową piekarnię na dom, w którym osadzono ukraińską rodzinę z zadaniem ochrony terenu, który teraz przypominał gospodarstwo rolne. Do budowy wykorzystano cegłę z rozebranych komór gazowych. Przed nadejściem Armii Czerwonej na te tereny w drugiej połowie lipca 1944 r., rodzina ta podpaliła dom z zabudowaniami gospodarczymi i ewakuowała się w stronę Warszawy.